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适量的低聚木糖没有副作用。

用唾液、胃液、胰液和小肠酶液进行的消化实验表明，各种消化液几乎不能分解低聚木糖，其能量值几乎为零，既不影响血糖浓度，也不增加血糖中的胰岛素水平，不形成脂肪沉积。

因此，它可以在低能量食物中发挥作用，最大程度地满足那些喜欢甜点但又担心糖尿病和肥胖的人的要求，因此糖尿病患者、肥胖患者和低血糖患者可以放心食用。

研究表明，日常饮食中少量的低聚木糖就能显示出保健作用。当低聚木糖和钙同时摄入时，不会影响钙的吸收，反而能促进钙的吸收。实验结果表明，任意摄入2%低聚木糖糖浆7天后，钙在体内的滞留率提高了21%。

低聚木糖对致病菌有很强的吸附能力，如大肠杆菌、肠杆菌、肺炎克雷伯菌、嗜水气单胞菌等。可以吸附在低聚木糖上。由于低聚木糖在肠道内不被消化酶降解，可以通过肠道将附着的致病菌带出体外，从而防止疾病在肠道内聚集，达到预防腹泻的目的。

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