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生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。

生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。

生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。

生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。

生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。

与精制有机肥相比

精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。

生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，不含有益菌。

生物有机肥不但含有丰富的有机质而且还有功能菌及部分大量元素；精制有机肥不含菌。

与农家肥相比

生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到95%以上；农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。

生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。

生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。

与生物菌剂相比

生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，价格高达上万元。

生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。

生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后有利用菌种的存活；尤其是有机质含量低的土壤。而生物菌剂不含有机质。

近年来，生物有机肥在一些生态示范区、绿色和有机农产品基地得到较为广泛的应用，成为今后发展的主要方向。随着绿色有机农产品生产规模的扩大和人们消费水平的提高，未来，生物有机肥的生产应用必是主流。

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