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Sam文件是短序列比对生成的文件，是二代测序中的核心文件。在RNAseq分析、突变检测等方面。第一个老师需要sam文件格式。Bam文件是sam格式的二进制格式。转换成二进制后，可以减少文件的存储量。掌握sam/bam文件的操作是处理二代测序数据中非常重要的内容，如sam与bam之间的转换、排序、索引、读取计数等。

1生成sam文件

可以生成sam格式的软件有很多，比如bwa，bowie2，tophat2，subread，minimap2等等。输入数据为fasta格式，用作比对参考序列；TQ格式的测序数据，如illumina测序的pairend数据等。也就是将测序数据与参考序列进行比较。可以简单理解为sam=fasta fastq。

#bwa建立索引bwaendex-aisref.fna # bwamem比较BWA mem-T4-r ' @ rg tid:a1 TPL:illumina TSM:a1 ' ref . fnaa 1 _ 1 . fastq . gza 1 _ 2 . fastq . gza 1 . sambwame-。TPL:illumina TSM:a2 ' ref . fnaa 2 _ 1 . fastq . gza 2 _ 2 . fastq . gza 2 . Sam 2 Sam文件格式介绍

Sam格式是文本格式，可以直接查看。总共有11列，每列的内容如下：

第一列：读取ID，第二列：标志标记的总和，第三列：与参考序列匹配的染色体数目。第4列：参考序列上的位置第5列：比较的质量值，MAPQ第6列：代表比较结果的雪茄串第7列：配对匹配的染色体数，如果没有配对，则为*第8列：参考序列上的第一个碱基位置，第9列：模板长度，第10列：序列读取，第11列：ASCII码格式的序列质量；

3标志标识符的含义

sam的第二列是标志标识符，是比较模式，比如单端比较，双端比较，或者不匹配。这些数字是二进制的和。下面的内容可以充分说明这一点。标志解析：/picard/explain-flags.html

4 Sam标识符的含义

在sam文件的每一行的末尾，都有许多标识符。这些标识符是比较的具体细节，可以查看相应的文档进行解读。然而，这些标识符是用于下游软件处理的，不需要人工解释。Sam标识符解释：https://github.com/samtools/hts-specs

XT:A:UNM:I:0SM:I:37AM:I:37x 0:I:1X1:I:0XM:I:0XO:I:0XT:A:UNM:I:2SM:I:37AM:I:37x 0:I:1x 1:I:0XM:I:2XO:I:0XT:A:UNM:I:0SM:I:37AM:I:37x 0:1x 1:I:0XM:I:0XO:I:0

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