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生物学中的碱性染料和酸性染料并不是按照PH值来分类的。

根据离子化染料分子的主要有色成分是阳离子还是阴离子来划分碱性和酸性染料。如果离子化的染料分子是阳离子，则有色离子是碱性染料；如果有色离子是阴离子，它们就是酸性染料；中性染料由碱性染料和酸性染料混合而成，也称为复合染料。

碱性染料：一般溶于水和酒精。一般能电离出无色阴离子如Na或OH-、Cl-和有色阳离子如龙胆紫、亚甲蓝、亚甲蓝。碱性染料的阳离子是有色离子，能与细胞带负电的部分牢固结合。比如细胞核中的染色质(体)含有脱氧核糖核酸，这是一种酸性物质。它能电离H，使自身带正电荷，所以能通过电荷间的引力与碱性染料(如龙胆紫或亚甲基蓝)电离的有色阳离子牢固结合，从而被染色。

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